科幻作品中常有“末世”这一设定，人类会因为各种原因而陷入生存危机，如外星文明入侵、地球环境恶化和其他生物进化从而支配人类等等，而其中有很大一部分是用瘟疫作为末世的背景。

瘟疫在人类历史上并不是什么稀罕事：十四世纪肆虐欧洲大陆的黑死病，在人类历史上无数次流行的霍乱，21世纪初的新冠……无一例外，这些瘟疫都让人类蒙受了巨大损失，无论是物质上还是精神上。

即使是现在医疗系统发达、流行病可控的情况下，瘟疫依旧为人们带来了莫大的恐惧，在此类恐惧中人们的想象力被极大地激发，最后将其具象化，以科幻小说的形式付梓。

迈克尔·克莱顿(Michael Crichton)所作的《天外病菌》是其代表之一。小说描述了冷战初期美国为巩固其地位开发大规模生化武器导致病菌变异，一株名为“仙后星座”病菌传播到人类世界的故事。

文坛巨匠杰克·伦敦（Jack London）所作小说《猩红疫》中，一位瘟疫幸存者在多年后娓娓道来那个时代的一切：一场瘟疫的爆发几乎摧毁了整个社会，人类摒弃伦理道德，拥护最原始的生存方式，自相残杀，政府机构彻底崩溃，权力体系迅速瓦解，世界再无秩序可言。在这样的情形下，人性遭受到了最大的考验。

在史蒂芬·金(Stephen King)写下的小说《末日逼近》中，美国开发生化武器却导致毒株意外泄露，在世界范围内引发了一场大瘟疫。这次瘟疫使得世界秩序分崩离析，幸存者寥寥无几，遗留在世间的人类在对立中展开漫长的斗争。

在这些科幻小说中，瘟疫是故事情节发展的主要推手，但这类作品的目的并非只是描写瘟疫，而是为了刻画整个社会与社会中的人类。作者借科幻小说的载体以及其前瞻性和严肃性，对人类的生存现状和未来做出了深刻的思考，这也正是科幻能够发人深省之处。